Thống đốc Vatican, thường được biết đến như Thủ hiến hay Thủ tướng Vatican, có trách nhiệm như một thị trưởng, tập trung vào các vấn đề lễ nghi và đối nội Vatican, trong đó có an ninh quốc gia. Hiện nay Vatican có hai lực lượng giữ gìn an ninh là Đội Cận vệ Thụy Sĩ cho Giáo hoàng (Guardia Svizzera Pontificia) và Đội Hiến binh Thành Quốc Vatican (Corpo della Gendarmeria dello Stato della Città del Vaticano).

Quyền lập pháp được trao cho các Hội đồng thuộc Giáo hoàng. Các thành viên là những Hồng y được Giáo hoàng bổ nhiệm, nhiệm kì 5 năm. Về tư pháp, Thành Vatican có Tòa án riêng của thành quốc, bên cạnh ba tòa án thuộc Giáo triều Rôma: Tòa Ân giải Tối cao, Tòa Thượng thẩm Rota, và Tối cao Pháp viện. Hệ thống pháp luật dựa trên cơ sở Giáo luật. Nếu Giáo luật không thích hợp, một bộ luật đặc biệt của khu vực sẽ được áp dụng, thường theo sự cung cấp của nước Ý.